После событий первой части Соник наконец обосновался в маленьком городке Грин-Хилз, мечтая жить обычной жизнью и завести новых друзей, но его планы рушатся, когда старый враг доктор Роботник возвращается с новым, неожиданным союзником — ежом Наклзом. Вместе злодеи разыскивают древний изумруд, в котором заключена невероятная сила, способная стереть целые города с лица земли.
