После событий первого фильма прошло несколько лет, и враждебные космические паразиты снова активизировались: они проникают на Землю, вселяются в тела обычных людей, убивают их и размножаются, чтобы постепенно подчинить себе всю планету. Их главная цель — полный захват территории, и у местных жителей почти нет шансов противостоять невидимому врагу, который выглядит как обычный человек.
Боб К. Каммингс: фильмы и сериалы
После триумфа над Ханом и запуска программы создания искусственной планеты Генезис жизнь команды «Энтерпрайза» под руководством капитана Джеймса Т. Кирка не становится спокойнее. Для самого Кирка все победы и достижения теряют смысл после гибели его лучшего друга Спока, который пожертвовал собой, чтобы спасти корабль и экипаж.